Înfiinţat în 1982, în subordinea Muzeului de Istorie Natională şi Arheologie din Constanţa, într-o cladire nouă, muzeul expune piese de arheologie greacă, romană şi bizantină, provenind din cercetările de la Histria şi din împrejurimi: amfore, inscripţii, vase ceramice, sticlă, podoabe, basoreliefuri elenistice şi altele.
Muzeul Cetății Histria
Înainte de a pătrunde în parcul arheologic propriu-zis, vizitatorul ce poposeşte la Histria, va fi întâmpinat de muzeul care adăposteşte unele dintre cele mai importante descoperiri din cetate şi din teritoriul său.
Colecţia este alcătuită din vase ceramice şi de piatră, obiecte de uz personal şi casnic, sculpturi, piese de arhitectură, inscripţii. Ele sunt repartizate pe epoci (greacă şi romană, romană târzie), urmărindu-se succesiunea lor în timp. Astfel, sălile de la parter sunt destinate Histriei arhaice, clasice şi elenistice, iar cele de la etaj Histriei romane şi romane târzii. La intrare poate fi admirată o frumoasă friză de marmură, aparţinând unui monument histrian de la sfârşitul secolului al II- lea–începutul secolului I a.Chr. Ea a fost identificată in imediata vecinătate a bazilicii civile, aflate pe latura de sud a străzii ce porneşte de la poarta principală a cetăţii, spre est. Realizat în stilul neoatic, basorelieful are reprezentate pe faţa anterioară imaginile lui Apollo, Hephaistos, Poseidon, Eros, Aphrodita, Athena, Zeus, Hermes şi Hera (?), iar pe cele laterale figura lui Apollo în ipostaza de Helios. În prima sală (în formă de L), după o vitrină în care sunt expuse principalele publicaţii referitoare la Histria, urmează alte cinci ce cuprind fragmente ceramice aparţinând culturilor Hamangia (neoliticul timpuriu, cca 5 000–4 500 a.Chr.) şi Babadag (secolele XI–VII a.Chr.). Între ele, o statuie menhir, descoperită la Hamangia (Baia) într-un tumul ce datează de la începutul epocii bronzului (începutul mileniului al III-lea a.Chr.). Urmează o serie de vitrine ce cuprind ceramică arhaică (sfârşitul secolului al VII-lea–secolul al VI-lea a.Chr.): greco- orientală (boluri,amfore de Clazomene), corintică, atică cu figuri negre, fragmente de vase de piatră, statuete votive de teracotă, un pond de malahit . Din aceeaşi epocă datează şi cada de baie, refolosită ca sarcofag în necropola identificată în satul Istria, precum şi elementele constitutive ale acoperişurilor templelor din zona sacră. Nu putem trece în sala următoare fără a atrage atenţia asupra fragmentului de kuros (marmură, 560–550 a.Chr., probabil stil milesian) şi a unui foarte frumos capitel de antă, datând din prima jumătate a secolului al V-lea a.Chr.
